超净工作台是为了适应现代化工业、光电产业、生物制药以及科研试验等领域对局部工作区域洁净度的需求而设计的。
超净工作台只能保护在工作台内操作的试剂等不受污染，并不保护工作人员；而生物安全柜是负压系统，能有效保护工作人员。
超净工作台其工作原理为：通过风机将空气吸入预过滤器，经由静压箱进入高效过滤器过滤，将过滤后的空气以垂直或水平气流的状态送出，使操作区域达到百级洁净度，保证生产对环境洁净度的要求。
超净工作台根据气流的方向分为垂直流超净工作台和水平流超净工作台。
超净工作台根据操作结构分为单边操作及双边操作两种形式，按其用途又可分为普通超净工作台和生物（医药）超净工作台。
超净工作台是一款用于医疗卫生、制药、化学实验等领域，并提供无菌无尘洁净环境的净化工作台。
说到超净工作台，有人会问是不是跟生物安全柜一样。
其实不然，超净工作台突出的是无菌无尘洁净，这样就可以保护工作台内操作的试剂等不受污染。
而生物安全柜是为操作原代培养物、菌毒株以及诊断性标本等具有感染性的实验材料时，用来保护操作者本人、实验室环境以及实验材料，使其避免暴露于上述操作过程中可能产生的感染性气溶胶和溅出物而设计的，突出的是安全，能有效保护工作人员。
超净工作台和生物安全柜的区别主要为以下4点：
1、生物安全柜是一种在微生物学、生物医学、基因重组、动物实验、生物制品等领域的科研、教学、临床检验和生产中广泛使用的安全设备，也是实验室生物安全中一级防护屏障中最基本的安全防护设备。
2、超净工作台，为了保护实验材料而设计的，通过风机将空气吸入预过滤器，经由静压箱进入高效过滤器过滤，将过滤后的空气以垂直或水平气流的状态送出，使操作区域达到百级洁净度，保证生产对环境洁净度的要求。只能保护样品，不保护操作人员。
3、生物安全柜是一种负压的净化工作台，正确操作生物安全柜，能够完全保护工作人员、受试样品并防止交叉污染的发生；而超净工作台只是保护操作对象而不保护工作人员和实验室环境的洁净工作台。
因此，在微生物学和生物医学的科研、教学、临床检验和生产中，应该选择和使用生物安全柜，而不能够选择和使用超净工作台。
4、从洁净级别看，生物安全柜也比超净工作台高级。
